本局組織架構分為：局長、副局長、秘書、納稅服務科、消費稅科、房屋稅科、地價稅科、土地增值稅科、資訊科、法務科、行政科、會計室、政風室、人事室、員林分局、北斗分局。
| 單位 | 職掌 |
|---|---|
| 納稅服務科 | 納稅服務、管制考核、租稅宣導、租稅教育。 |
| 消費稅科 | 使用牌照稅、娛樂稅之稽徵。 |
| 房屋稅科 | 房屋稅、契稅之稽徵。 |
| 地價稅科 | 地價稅、田賦之稽徵。 |
| 土地增值稅科 | 土地增值稅、印花稅之稽徵。 |
| 資訊科 | 各稅系統執行、作業管制、退稅業務、單照管理、資訊設備及資訊安全管理。 |
| 法務科 | 違章案件審理、行政救濟案件處理、欠稅執行、稅捐保全、納稅者權利保護事項。 |
| 行政科 | 文書管理、公文檢核、事務管理、出納。 |
| 會計室 | 經費會計、徵課統計及稅捐統計。 |
| 政風室 | 廉政法令之宣導及社會參與。廉政預防措施與興革建議之擬訂、推動及執行。公職人員財產申報、利益衝突迴避及廉政倫理相關業務。機關貪瀆不法事項之處理。機關公務機密、安全維護之處理及協調。 |
| 人事室 | 組織編制、任免、獎懲、考績、退休、訓練、福利及差假管理。 |
| 員林分局 (分設四股) | 地價稅、田賦、使用牌照稅、房屋稅、契稅、土地增值稅、印花稅、娛樂稅之稽徵、欠稅管理。 |
| 北斗分局 (分設三股) | 地價稅、田賦、使用牌照稅、房屋稅、契稅、土地增值稅、印花稅、娛樂稅之稽徵、欠稅管理。 |
